通关后方便理解整理剧情写的，感觉老年痴呆越来越严重，以后通关一些文字ADV都打算记一些要点来方便自己以后回顾，这点也算是从《女仆咖啡厅》的主角步鸟那里学来的。
含剧透请谨慎阅读
记录：
2188年 森村千寻博士为了筹款散播的纳米机器人技术导致地球污染人类灭亡，此时活着的人只剩下卫星轨道上宇宙空间站中的十几人。为了人类种族延续，空间站内部数人打算推行箱舟计划，但空间站资源有限，绪方反对箱舟计划，两派发生争执，最终演变为枪击战，仅存的人类也灭亡了。
箱舟计划简单说就是让携带动植物及15人DNA的箱舟飞往有着适合人类居住环境的外星，在这颗星球上实现人类再生。飞行中如果探查机中途损坏，那人类将迎来真正的灭绝。但因为鹰宫博士研究的探查机繁殖而顺利解决了这一问题，搭载DNA情报探查机可以在小惑星上采取资源，进行自我修复与复制。经过无数探查机诞生、故障后，终于抵达了新星球。
探查机达到后开始着手制造、发射人工卫星来对地面设施进行管理，同时在新行星上制造设施区与保育器，根据携带的15人DNA开始育成他们的克隆体，也就是新人类。而怪物d实则是用来开发行星，使其地球化的土木重机。 鞍部玉绪博士认为，继承历史文化才算是真正的人类，因此15人在20岁成年前要在保育器内体验模拟现实的社会生活，他们脑内的纳米机器人大部分都用来处理听觉视觉触觉味觉等，为了使度过的这段现实更加逼真。然后到18岁后，再学习2年的专门知识，即可从保育器出来，开拓星球完成人类再生。
森村博士觉得2180年后人类误入歧途，应该从头来过，但具体从哪个时代开始大家的意见无法统一，最终决定作出5个不同时代的模拟生活区，相邻生活区间年代各差40年。15人均在不同生活区内生活。生活区内其他人皆为中央电脑控制的管理的ai。中央电脑由冲野开发，因为此人十分随意，开发时还使用了d怪物为名的游戏程序。所以其实并没有真正在进行时间穿梭，只是从一个生活区转移到另一个生活区。
2188年，被井田利用而失意的东云，对人类种族失望，希望世界还是不要有人类比较好。于是她对箱舟计划动了手脚，在程序中加入了d-code，同样根据d游戏所制，可以呼唤怪物对假想空间发动攻击。当5个生活区都被破坏时，会自动重启，重新制造世界。每16年一个轮回，中央电脑内有发动倒计时，都是为了不让15人长大走出保育器。把自身资料（记忆）传送到区域0能免于完全重启消灭，但下一周后就不再是活人，仅是以模拟人格出现。
二周前的十郎认为只要把拥有d-code的15人全杀了就能解决问题，结果没有用。然后被一周前的井田以ai复活，逃到这个世界，逼到绝境时附身到现在十郎的纳米机器人上。这次他的目的是利用中央电脑使用的游戏系统，让与d的战斗变成真正的游戏。虽然登场敌人变得更强，但玩家也可以利用打倒敌人获得的点数来强化机兵。
最后在一周前如月帮助下，让中央电脑终于察觉现状异常，消灭了d，大家走出了培育器，踏上了新大地。
无论科技多么发达，最后引发奇迹的都是人类自己。
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